Trường ĐHKTYTHD tổ chức đào tạo theo tín chỉ cho bậc đại học từ năm 2010. Người học được xếp học tập theo khóa học, năm học và học kỳ. Hàng năm, Trường xây dựng Đề án tuyển sinh và kế hoạch tuyển sinh cho từng trình độ đào tạo và tuyển chọn người học phù hợp định hướng phát triển của Trường và đáp ứng nhu cầu nguồn nhân lực y tế cho dịch vụ cung ứng và chăm sóc sức khỏe nhân dân.

Thời gian của một khoá học được quy định tùy thuộc vào trình độ và ngành đào tạo. Thời gian đào tạo thiết kế chuẩn cho trình độ đại học là 4 năm (cử nhân điều dưỡng và kỹ thuật y học), 6 năm (Y khoa), 02 năm cho đối tượng chuyên khoa I, 1,5 năm cho đối tượng liên thông từ cao đẳng lên đại học. Thời gian đào tạo tối đa cho các trình độ đào tạo được quy định rõ trong các quy chế đào tạo và được cụ thể hoá trong bảng sau:

Với mỗi khóa đào tạo, Trường xây dựng kế hoạch học tập toàn khóa, trong đó có xác lập, dự đoán tỷ lệ SV tốt nghiệp, thời gian tốt nghiệp trung bình, tỷ lệ bỏ/thôi học, và tỷ lệ có việc làm của SV tốt nghiệp cho tất cả các CTĐT. Hàng năm, Trường ban hành Kế hoạch năm học chung cho toàn trường, trong đó mỗi năm học có 2 học kỳ chính và 01 kỳ phụ (kỳ hè). Kế hoạch học tập được xây dựng căn cứ vào Quy chế đào tạo đại học theo hệ thống tín chỉ tại Trường ĐHKTYTHD; Quy định về đào tạo trình độ chuyên khoa I tại Trường ĐHKTYTHD. Vào đầu năm học, Trường tổ chức tuần sinh hoạt công dân cho SV và công bố CTĐT toàn khóa, Kế hoạch đào tạo năm học, sổ tay SV, thời khoá biểu, kế hoạch thực hiện HP tốt nghiệp và thời gian xét tốt nghiệp để NH nắm được và thực hiện.